ジャパンカップは開催17回目にしてUCI（国際自転車競技連盟）によるカテゴリーが「1」から「オークラス（超級）」へと昇格した。出場選手の豪華さも増し、正真正銘アジア最大のワンデーレースとして注目が集まった。
例年を上回る6万5000人もの観客が詰めかけた会場を、13チーム・64名の選手たちが号砲とともに駆け出した。スタート早々、古賀志林道からレースは動いた。路上ペイントに彩られ、観客が詰めかけた上りで真っ先に福島晋一（梅丹本舗・GDR）と柿沼章（チームブリヂストン・アンカー）がアタック。頂上を先頭で通過したこの2名には遅れて野寺秀徳（スキル・シマノ）が追いつき、3名の逃げが始まった。
しかしランプレ、リクイガス、クイックステップ、ブイグテレコムのプロツアー4チームがコントロールするメイン集団は、逃げる3名のリードを常に射程圏内に抑え続けた。
レースはラスト3周で大きな進展を見せることになる。メイン集団はリクイガスとランプレを中心にペースが上がり、逃げ続けていた3名をゴールまで2周半を残して全員吸収した。
そして続く古賀志林道でリクイガスが攻撃に出た。先ずバッソのチームメイトのヴァレリオ・アニョリ（イタリア、リクイガス）が上りで飛び出すと、クネゴのみがこれに合流。古賀志林道で先頭はバッソ、アニョリ、クネゴの3名に絞られ、後方からはヴィスコンティや土井雪広（日本、スキル・シマノ）を含む追走グループが追い上げた。
追走グループは、ラスト1周半の時点で先頭3名とのタイム差を7秒まで詰めた。そこで追走グループから飛び出したのはヴィスコンティと土井の2名。そのうちヴィスコンティのみが先頭グループに合流した。
そして最後の古賀志林道。先頭グループからバッソとクネゴが飛び出した。このイタリアンスター2名はヴィスコンティを10秒引き離して頂上を通過。クネゴとバッソの一騎打ちのままラスト3km。これに何とかヴィスコンティが独力で追いついた。
古賀志林道で千切れていたアニョリも何とかラスト1kmで先頭グループに追いつき、バッソのために前を牽いてラスト500m。そしてバッソ、クネゴ、ヴィスコンティによるスプリント勝負に持ち込まれた。
最終コーナーを抜け、先頭はバッソ。しかしクネゴとヴィスコンティがスプリントで前に出た。最後はヴィスコンティを力でねじ伏せたクネゴが勝利。高らかに両手を挙げ、観客が詰めかけたゴールに飛び込んだ。
クネゴは2005年に続く大会2勝目。アムステル・ゴールドレース優勝、ロード世界選手権銀メダル、ジロ・ディ・ロンバルディア優勝、そしてジャパンカップ優勝。2004年ジロ・デ・イタリアを制したクネゴが、ワンデーレースでの実力を一気に開花させるシーズンとなった。
リザルト
1. ダミアーノ・クネゴ (ランプレ イタリア) 4h04'57
2. ジョヴァンニ・ヴィスコンティ (クイックステップ イタリア) S.T
3. イヴァン・バッソ (リクイガス イタリア) S.T
4. ヴァレリオ・アニョリ (リクイガス イタリア) +12
5. フランチェスコ・ガヴァッツィ (ランプレ イタリア) +1'23
6. トマ・ヴォクレール (ブイグテレコム フランス) S.T
7. アレッサンドロ・プローニ (クイックステップ イタリア) S.T
8. キェール・カールストローム (リクイガス フィンランド) S.T
9. 土井雪広 (スキルシマノ 日本) S.T
10. 西谷泰治 (愛三工業レーシング 日本) S.T
例年を上回る6万5000人もの観客が詰めかけた会場を、13チーム・64名の選手たちが号砲とともに駆け出した。スタート早々、古賀志林道からレースは動いた。路上ペイントに彩られ、観客が詰めかけた上りで真っ先に福島晋一（梅丹本舗・GDR）と柿沼章（チームブリヂストン・アンカー）がアタック。頂上を先頭で通過したこの2名には遅れて野寺秀徳（スキル・シマノ）が追いつき、3名の逃げが始まった。
しかしランプレ、リクイガス、クイックステップ、ブイグテレコムのプロツアー4チームがコントロールするメイン集団は、逃げる3名のリードを常に射程圏内に抑え続けた。
レースはラスト3周で大きな進展を見せることになる。メイン集団はリクイガスとランプレを中心にペースが上がり、逃げ続けていた3名をゴールまで2周半を残して全員吸収した。
そして続く古賀志林道でリクイガスが攻撃に出た。先ずバッソのチームメイトのヴァレリオ・アニョリ（イタリア、リクイガス）が上りで飛び出すと、クネゴのみがこれに合流。古賀志林道で先頭はバッソ、アニョリ、クネゴの3名に絞られ、後方からはヴィスコンティや土井雪広（日本、スキル・シマノ）を含む追走グループが追い上げた。
追走グループは、ラスト1周半の時点で先頭3名とのタイム差を7秒まで詰めた。そこで追走グループから飛び出したのはヴィスコンティと土井の2名。そのうちヴィスコンティのみが先頭グループに合流した。
そして最後の古賀志林道。先頭グループからバッソとクネゴが飛び出した。このイタリアンスター2名はヴィスコンティを10秒引き離して頂上を通過。クネゴとバッソの一騎打ちのままラスト3km。これに何とかヴィスコンティが独力で追いついた。
古賀志林道で千切れていたアニョリも何とかラスト1kmで先頭グループに追いつき、バッソのために前を牽いてラスト500m。そしてバッソ、クネゴ、ヴィスコンティによるスプリント勝負に持ち込まれた。
最終コーナーを抜け、先頭はバッソ。しかしクネゴとヴィスコンティがスプリントで前に出た。最後はヴィスコンティを力でねじ伏せたクネゴが勝利。高らかに両手を挙げ、観客が詰めかけたゴールに飛び込んだ。
クネゴは2005年に続く大会2勝目。アムステル・ゴールドレース優勝、ロード世界選手権銀メダル、ジロ・ディ・ロンバルディア優勝、そしてジャパンカップ優勝。2004年ジロ・デ・イタリアを制したクネゴが、ワンデーレースでの実力を一気に開花させるシーズンとなった。
リザルト
1. ダミアーノ・クネゴ (ランプレ イタリア) 4h04'57
2. ジョヴァンニ・ヴィスコンティ (クイックステップ イタリア) S.T
3. イヴァン・バッソ (リクイガス イタリア) S.T
4. ヴァレリオ・アニョリ (リクイガス イタリア) +12
5. フランチェスコ・ガヴァッツィ (ランプレ イタリア) +1'23
6. トマ・ヴォクレール (ブイグテレコム フランス) S.T
7. アレッサンドロ・プローニ (クイックステップ イタリア) S.T
8. キェール・カールストローム (リクイガス フィンランド) S.T
9. 土井雪広 (スキルシマノ 日本) S.T
10. 西谷泰治 (愛三工業レーシング 日本) S.T